近日,全球植物科学委员会(Global Plant Council, GPC)评选出了2015年度世界植物学领域的十二大代表性科研成果。中科院植物研究所刘春明研究组发现的“单碱基外显子”入选。
刘春明研究组博士生郭磊在拟南芥APC11基因中发现了一个只有1个核苷酸构成的单碱基外显子,这是迄今为止在所有生命体中发现的最小的外显子。科研人员利用分子遗传学方法巧妙地设计了一系列改造过的APC11基因组序列,并将这些序列分别与绿色荧光蛋白(GFP)构成的融合基因转化到拟南芥和水稻的原生质体,进而通过转录本测序和检测GFP发光等方法,证实了这个单核苷酸外显子的存在,发现其两侧的内含子在拟南芥和水稻中都可以被有效剪切,这说明在高等植物体内存在严格的剪切机制,保证了这类超小型外显子被有效识别和加工。目前尚不知道这类单碱基外显子是否在人或者其他生物中存在。
这一发现对准确地注释基因具有重要意义。研究成果于2015年12月发表在Nature系列期刊Scientific Reports上,一个月内已被下载7,900余次,综合计量指数(Altmetric Score)为206。
论文链接: http://www.nature.com/articles/srep18087
APC11基因序列及其单碱基外显子
在APC11的编码区中,红色大写字母表示外显子,黑色小写字母表示内含子,紫色“a”表示剪切分支点。红色的“A333”即为单碱基外显子。小写字母加下划线的“gt”和“ag”表示保守的内含子-外显子剪切序列。蓝色序列表示此前被GenBank数据库错误注释为外显子的部分
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